【질의내용】

기업부설연구소로 인정받은 전용면적 외에 그에 따른 공용면적(기계실, 주차장, 복도, 계단 등)도 감면대상으로 볼 수 있는지 여부

【회신내용】

가.「지방세특례제한법」제46조 및 같은법 시행령 제23조에서는「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14에서 규정한 기준을 갖춘 연구소로서 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정받은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 50%를 2016년 12월 31일까지 경감한다고 하면서 그 단서에서 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있습니다.

나. 이와 같이 기업부설연구소 부동산 취득에 대하여 면세혜택을 주는 것은 기업의 과학기술연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이룩하는 데 그 취지가 있다(대법원 1987. 10. 26. 선고 85누444 판결 참조) 할 것입니다.

다. 살피건대, 조세감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점(대법원 ‘09. 8. 20.선고 2008두11372 판결 참조) 등에 비추어 보면,「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙」제2조에서 기업부설연구소 등의 인정 기준으로 ‘연구시설’은 ‘연구공간은 고정벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간을 확보할 것’이라고 규정하고 있고

라. 제3호에서는 부대시설에 대하여 ‘기업부설연구기관 등의 연구개발 활동을 위하여 제작한 구축물과 연구전담 요원 등이 전용으로 사용하는 회의실, 기숙사 등 연구개발 활동에 필요한 편의시설로서 기업부설연구기관 등의 주소지에 있을 것(부대시설을 두는 경우만 해당한다)’이라고 규정하고 있어「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 미래창조과학부장관의 인정을 받은 것’이라는 부분은 기업부설연구소의 인적ㆍ물적 시설의 기준을 의미하는 것이다(대법원 2008.11.27. 선고 2006두19570 판결 참조) 할 것이므로 기업부설연구소로 인정을 받을 경우 비로소 그 인정받은 것에 대해 취득세 감면 범위를 확정하도록 규정하고 있는 것입니다.

마. 따라서 위 조항의 문언과 규정 취지 등에 비추어 볼 때, 기업부설연구소로 직접사용하는 것은「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」시행령 제14조의 규정에 의한 기준에 따라 기업부설연구소 인정받은 면적을 의미한다 할 것이지만 기업이 선택에 의하여 기업부설연구소로 인정받은 면적이 당해 건물의 전용면적만 인정받은 경우라면 전용면적을 기준으로 기업부설연구소가 직접사용하는 부분을 한정하여 공용면적 비율을 산정 감면함이 타당하다 할 것이지만, 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 사실조사 등을 통하여 최종 판단할 사안이라 할 것입니다. 끝.