① 청구법인이 이 건 토지에 대한 취득세 납세의무가 적법하게 성립한 후에 소유권이전등기를 말소하였다 하더라도 이미 성립한 납세의무에는 영향을 미칠 수 없다 할 것이므로 이 건 토지를 취득하지 않았다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. ② 청구법인은 이 건 피합병법인으로부터 승계받은 이 건 토지를 그 합병등기일부터 2년 이내에 매각한 점 등에 비추어 청구법인에게 합병에 따른 특례세율 및 감면을 적용하기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

「지방세법」제7조 제2항 및 제15조 제1항,「지방세특례제한법」제57조의2 제1항

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.2.3. OOO주식회사(이하 "이 건 피합병법인"이라 한다)를 합병(이하 "이 건 합병"이라 한다)함에 따라 이 건 피합병법인이 소유하고 있던 OOO외 2필지 토지 5,162.2㎡(이하 "이 건 토지"라 한다)를 사실상 취득한 것으로 보아 그시가표준액 OOO을 과세표준으로 하고「지방세법」(2015.12.31.법률 제26836호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제2호의 세율(1천분의35)을 적용하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세OOO지방교육세 OOO합계 OOO(이하 "이 건 취득세 등"이라한다)을 신고·납부한 후 소유권이전등기를 하였다.

나. 청구법인은 2016.12.19. 적격 합병에 따라 이 건 토지를 취득한 것이므로 이 건 취득세 등은「지방세법」제15조 제1항 제3호,「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것, 이하 같다) 제57조의2제1항 및 같은 법 제177조의2를 적용하여 산출한 세액으로 경정되어야한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.1.2. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.2.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 합병일(2016.2.3.) 이전인 2015.12.4. 이 건 피합병법인은 이 건 토지를주식회사 OOO에게양도하는 매매계약을 체결하였고, 청구법인은 이 건 합병 후 이 건 피합병법인으로부터 매도인의 지위를 승계하여주식회사 OOO에게 이 건 토지의 소유권을 이전한 것인바, 청구법인은 이 건 토지 매매계약과 관련한 매도인의 권리·의무만을 승계한 것으로서 청구법인은 이 건 토지를 사실상 취득하지 않았음에도 이 건 취득세 등을 신고·납부하고 청구법인 명의로 소유권이전등기를 한 것이고, 그 후 말소등기하였으므로 취득세 납세의무가 성립하지 아니한 이 건 취득세 등은 환급되어야 한다.

(2) 설령, 청구법인이 이 건 합병을 원인으로 이 건 토지를 취득한 것으로 본다고 하더라도 청구법인은 이 건 피합병법인의 발행주식 전부를 소유하고 있는 주주이므로 이 건 합병은 청구법인이「법인세법」제44조 제2항 각 호의 합병 조건을 이행하였는지에 관계 없이 같은 조 제3항의 적격 합병에 해당하는 바, 이 건 취득세 등은「지방세법」제11조 제1항 제2호의 세율(1천분의 35)에서 중과기준세율(1천분의 20)을 차감한 세율(1천분의 15)을 적용하여 취득세를 산출한 후「지방세특례제한법」제57조의2 제1항 및 같은 법 제177조의2의 규정을 적용하여 산출한 세액(산출세액의 100분의 85 감면)으로 경정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 이 건 피합병법인으로부터 이 건 토지의 매도인 지위만을 승계한 것일 뿐 이 건 토지를 사실상 취득한 것이 아니라고 주장하나,「지방세법」제7조 제2항에서 부동산의 취득은 관계 법령에 따른 등기 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 청구법인은 이 건 합병에 따라 그 재산인 이 건 토지를 사실상 취득하였다고 할 것이므로 취득세 등의 납세의무가 성립하지 않았다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

(2)「지방세법」제15조 제1항 제3호 및「지방세특례제한법」제57조의2제1항 단서에서 합병등기일부터 2년 이내에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는경우 피합병법인으로부터 승계한 사업을 폐지한 것으로 보아 취득세율의 특례(1천분의 15) 및 적격 합병에 따른 취득세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 청구법인은 이 건 합병등기일(2016.2.3.)부터2년 이내인 2016.3.4. 이 건 토지를 주식회사 OOO에게 매각하였으며,그 가격이 이 건 합병에 따라 승계받은 고정자산 가격의 2분의 1을 초과하므로 이 건 토지는 취득세율 특례 대상 또는 적격 합병에 따른 취득세감면 대상이 아니라 할 것인바, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 이 건 토지를 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부

② 이 건 합병이「법인세법」제44조 제3항 및「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에서 규정한 적격 합병으로서 취득세 감면대상에 해당되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정된 것)

제6조【정의】취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1."취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축,개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든취득을 말한다.

19. "중과기준세율"이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다.

제7조【납세의무자 등】② 부동산등의 취득은「민법」,「자동차관리법」,「건설기계관리법」,「항공안전법」,「선박법」,「입목에 관한 법률」,「광업법」또는「수산업법」등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다.

제11조【부동산 취득의 세율】① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 상속으로 인한 취득

가. 농지 : 1천분의 23

나. 농지 외의 것 : 1천분의 28

2. 제1호 외의 무상취득 : 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.

제15조【세율의 특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.

3.「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에「법인세법」제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.

(2) 지방세법 시행령(2015.12.31. 대통령령 제26836호로 개정된 것)

제20조【취득의 시기 등】① 무상승계취득의 경우에는 그 계약일(상속또는 유증으로 인한 취득의 경우에는 상속 또는 유증 개시일을 말한다)에취득한 것으로 본다. 다만, 해당 취득물건을 등기·등록하지 아니하고 다음각 호의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 취득일부터 60일 이내에계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.(각호 생략)

(3) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것)

제57조의2【기업합병·분할 등에 대한 감면】①「법인세법」제44조 제2항또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수하는 재산을 2018년 12월 31일까지 취득하는 경우에는「지방세법」제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제하되, 해당 재산이「지방세법」제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에「법인세법」제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. (각 호 생략)

제177조의2【지방세 감면 특례의 제한】이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (각호 생략)

(4) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 것)

제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】② 제1항을 적용할 때 다음각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것.다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주 등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식 등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식 등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식 등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주 등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식 등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

③ 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우에는 제2항에도 불구하고양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

제44조의3【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】① 제44조 제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식 등을 처분하는 경우

(5) 법인세법 시행령(2016.3.11. 법률 제27037호로 개정되기 전의 것)

제80조의4(적격합병 과세특례에 대한 사후관리) ③ 법 제44조의3 제3항각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 합병등기일이속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다

⑦ 법 제44조의3 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제44조의3 제3항 제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 합병법인이 제80조의2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만,피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다

(가) 청구법인 및 이 건 피합병법인의 등기부 등을 보면, 청구법인은 1964.6.26. 설립되어 수출입업 및 수출입대행업 등을 목적사업으로 하고있고, 이 건 피합병법인은 2005.3.3. 설립되어 자동차판매업 등을 목적사업으로 하고 있는 것으로 나타난다.

(나) 청구법인과 이 건 피합병법인은 2015.11.25. 아래와 같이 이 건 합병계약을 체결하였으며, 그 제4조에 의하면 청구법인이 이 건 피합병법인의 발행주식 전부를 소유하고 있는 것으로 나타난다.

(다) 이 건 피합병법인은 2015.12.4. 주식회사 OOO와 이 건 토지 및 그 지상건축물에 대한 매매계약을 아래와같이 체결하였다.

(라) 이 건 합병계약일(2015.11.25.)이 속하는 2015사업연도 현재 이 건피합병법인의 비유동자산(고정자산 등) 소유현황은 아래<표>와 같다.

<표> 이 건 피합병법인의 고정자산 현황(2015.12.31. 현재)

(단위 : 원)

(마) 이 건 피합병법인의 비유동자산 총 OOO 중 이 건토지 및 그 지상건축물이 OOO으로 70.38%를 차지하고 있으며,나머지는 투자증권, 차량, 비품 및 임차보증금 등인 것으로 나타난다.

(바) 청구법인은 2016.2.3. 이 건 피합병법인을 합병하고, 그 다음 날 합병등기를 한 후, 2016.3.4. 이 건 토지를 2016.2.3. 합병을 원인으로 무상승계 취득하였다고 하여 취득세 과세표준을 OOO(시가표준액)으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제2호의 세율(1천분의 35)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO을 신고·납부하였으나, 그 지상 건축물에 대하여는 취득세 신고를 하였는지 여부는 알 수 없다.

(사) 한편, 이 건 토지의 등기부 등본을 보면, 청구법인이 2016.3.4. 합병(2016.2.3.)을 원인으로 소유권이전등기를 한 후, 같은 날 주식회사OOO가 매매(2015.12.4.)를 원인으로 소유권이전등기를 하였고, 청구법인은2016.3.8. 착오를 원인으로 자기 명의로 한 2016.3.4.자 소유권이전등기를 말소한 것으로 나타난다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세법」제6조 제1호에서"취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자등과 그 밖에이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든취득을 말한다고 규정하고 있고,같은 법 제7조 제2항에서부동산 등의 취득은「민법」등 관계 법령에 따른등기 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(2015.12.31. 대통령령 제26836호로 개정된 것, 이하 같다) 제20조 제1항은 무상승계취득의 경우에는 그 계약일에취득한 것으로 보되, 해당 취득물건을 등기하지 아니하고취득일부터 60일이내에계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,취득세는본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것(대법원 2004.11.25. 선고 2003두13342 판결, 같은 뜻임)인 점, 이 건 합병일(2016.2.3.) 현재 이 건 토지는그 매매계약이 종료되지 않은 상태로서 여전히 이 건 피합병법인의 소유이고, 이 건 합병계약서 제10조에서 합병일 현재 이 건 피합병법인의자산 및 부채는 청구법인에게 승계된다고 기재되어 있는 점,「지방세법시행령」제20조 제1항에서 등기를 하지 아니하고 취득일부터 60일 이내에계약이 해제된 사실이 입증된 경우에는 취득한 것으로 보지 아니하는바, 등기를 한 경우에는 그 매매계약이 당연 무효가 아닌 이상취득세 납세의무는 적법하게 성립되었다고 할 것이고, 그 후 말소등기를 하였다고 하여 그 취득세 납세의무가 효력을 상실하는 것은 아닌 점 등에 비추어 이 건 합병일 전에 이 건 피합병법인이 이 건 토지의매매계약을 체결하였다거나 청구법인 명의의 소유권이전등기를 말소등기하였다는 사실만으로 이미 적법하게 성립한 취득세 납세의무에는 영향을 미칠 수 없다 할 것이므로 이 건 토지를 사실상 취득하지 않았으므로 이 건 취득세 등을 환급하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세법」제15조 제1항 제3호에서「법인세법」제44조 제3항에 따라내국법인이 발행주식총수를소유하고 있는 다른 법인을 합병(적격 합병)하는 경우 그 취득세율은 표준세율(1천분의 35)에서 중과기준세율(1천분의20)을 차감한 1천분의 15(이하 "특례세율"이라 한다)로 하되 합병등기일부터 3년이내에 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은사업을 폐지하는 경우에는 특례세율을 적용하지 않는다고 규정하고 있고,「지방세특례제한법」제57조의2 제1항,「법인세법」제44조 제3항, 같은 법제44조의3 제1항, 제3항 제1호, 같은 법 시행령 80조의4 제3항, 제7항 및 제8항을 종합하여 보면, 합병법인이 합병등기일부터 2년 이내에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하는 경우에는피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 보아 합병에 따른 취득세감면대상에서 제외한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 위 (2)에서 살펴보았듯이 합병법인인 청구법인은 이 건 합병일(2016.2.3.)에 이 건토지를 취득한 것으로 보아야 하는 점, 청구법인은 이 건 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산OOO중 70.38%에 해당하는 이 건 토지 및 그 지상건축물OOO을 그 합병등기일(2016.2.4.)부터 2년 이내인 2016.3.4. 주식회사 OOO에게 매각한 점, 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산의 2분의 1 이상을 2년 이내에 매각한 경우 이는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에 해당되어 취득세 특례 세율 및 감면의 적용이 배제되는 점 등에 비추어 이 건 합병이「법인세법」제44조 제3항의 적격 합병에 해당되어 합병에 따른 이 건토지의취득이 취득세 특례세율 적용 또는 감면 대상에 해당된다 하더라도그 유예기간(2년) 내에 이를 매각하여 취득세 특례세율 적용 또는감면 대상에서 제외되었다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제4항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에의하여주문과 같이 결정한다.